1、核心技术：远缘分子杂交水稻无融合生殖育种、制种技术。
2、菰稻科技公司的核心竞争力为：在菰与稻、稻与菰之间的分子杂交育种领域的技术领先优势十分明显（快速杂交、快速稳定、增产显著、质量提高、功能性水稻品种等），具有独到、高效的创新基础、能力和潜力，能够快速在育种行业出类拔萃，引领行业发展，吸引同行加盟，整合上下游企业合作发展，共同促进中国粮食生产提高产量和质量，保障国家粮食安全，改善人民生活质量的重大社会效益，同时为公司股东和合作者创造巨大的经济效益。
3、菰稻科技公司目前对超过1000个菰稻杂交育种材料开展研究和育种试验，超过40个菰稻材料达到国家品种审定要求，四个品种已经向湖南省、江西省种子管理部门申请参加品种审定区域性试验。
4、菰稻科技公司已经在湖南省沅江市建立菰稻核心育种基地、三亚市南繁基地、湖南省南县、茶陵县、城步县和宁乡县育种示范基地，同时还在全国21个地区开展试验性种植，广泛收集种植数据，为日后品种审定和市场化快速推广做准备。
5、菰稻科技公司率先开展功能性水稻杂交研究，目前已经着手进行“救心菜稻”、“辣木稻”、“紫苏稻”、“黄秋葵稻”、“石斛稻”育种研究和试验性种植，并已经取得初步成果，目标是将其打造成为功能性保健食品，让消费者在吃饱饭、吃好饭的同时，对现代人常见的高血脂、脂肪肝、糖尿病等“富贵病”起到一定的预防作用，
6、菰稻科技公司培育的菰稻旱稻品种，试验田亩产已经达到850公斤，一旦通过品种审定和推广种植，将大幅增加我国水稻种植面积，增加粮食产量，保障国家粮食安全。
7、菰稻农业公司已经取得“菰香源”注册商标并授权菰稻科技公司无偿使用。菰稻科技公司正在积极准备申请育种方法、制种方法等方面相关发明专利，申请新品种、新材料基因图谱备案等措施，严密保护菰稻科技公司的知识产权，为菰稻科技公司的长远发展创造有利条件。
8、2016年12月29日，菰稻农业公司投入巨额资金研究的“一种菰cDNA文库构建的方法”发明专利申请已经获得国家专利局受理并通过初审，目前已经进入实质性审查阶段。这为菰稻科技公司进一步开展野生菰与水稻、高粱、小麦、玉米等禾科粮食作物远缘分子杂交育种基础研究，夺取育种技术高地，促进菰稻远缘分子杂交育种技术水平的提高和菰稻科技公司的长远发展奠定了坚实的基础。
9、禾科中草药植物的改良和提炼。这将是公司中期重点发展的一个方向，将产生巨大的产业发展的想象空间。